Pondok si Boncel adalah rumah ke 4 dari Perhimpunan Santo Vicentius Jakarta. Perhimpunan Vincentius Jakarta didirikan pada tahun 1355, yang bekerja dikarya sosial untuk memberi pengasuhan dan pendidikan bagi anak-anak terlantar, atau anak yang berada pada batas keterlantaran yaitu para yatim piatu, yatim atau piatu yang berasal dari keluarga broken home dan juga bagi anak-anak yang tidak diketahui darimana mereka berasal.

Sampai dengan tahun 1971 Perhimpunan Santo Vincentius hanya dap at menerima anak-anak yang berusia 6 tahun keatas, dan para pemimpin dari 3 panti asuhan yang ada sering dikonfrontir dengan permohonan bantuan bagi anak-anak yang masih kecil. Pada tahun 1971 tepainya dibulan April Perhimpunan Santo Vincentius Jakarta menerima usulan dari ke3 panti lain untuk menambah satu panti asuhan bagi anak-anak dibawah usia 6 tahun. Perhimpunan Santo Vincentius Jakarta menawarkan kepada berbagai Kongregasi yang ada di Jakarta untuk menerima tawaran ini, namun tidak mendapat tanggapan.

Ternyata Kongregasi Suster-suster St. Dominikus yang berada dibawah keuskupan Bandung , berani menerima tawaran tersebut. Sr Theres OP selaku pemimpin umum Kongregasi dan Sr Agnes OP sebagai Dewan Ekonom Kongregasi , atas nama Suster-suster St Dominiknes merasa terpanggil untuk menolong, merawat dan membesarkan anak-anak yang bermasalah dengan cara menampung mereka dalam suatu panti asuhan.

Desember 1571 Br Winand OFM, bersama seorang pastor mencari sebuah rumah yang dapat disewa, agar dapat dimulai dengan perumahan anak-anak. Karya Tuhan sungguh luar biasa , akhirnya Br Winand OFM mampu membeli ru mah yang terletak di Jl. Raden Saleh I/12 C . Rumah tersebut berada ditengah-tengah perumahan dan membentuk suatu keluarga ditengah-tengah keluarga lain. Februari 1972 rumah telah disiapkan dan Suster-suster mulai dengai tugas pertamanya. Yang dipercaya untuk mengelola saat itu adalah Sr Engelina OP, Sr Vincentia OP dan Sr Yosephina OP. 5 April 1972 penerimaan yang pertama dan waktu itu berjumlah 25 anak.

31 Agustus 1972 rumah diresmikan dengan nama " PONDOK SI BONCEL " yang diberikan oleh Uskup Agung Jakarta Mgr Leo Soekoto SJ dan pengguntingan pita dilakukan oleh Ibu Walikota Jakarta Pusat waktu itu  Ny. Eddy Djadjang Djajaatmadja.

Biara Suster-suster menjadi satu dengan karya, dengan demikian nampak jelas rumah menjadi terlalu kecil, dan setiap hari ada banyak orang datang mengetuk pintu untuk memohon belas kasihan agar menolong pengasuhan bagi anak-yang terlantar di Jakarta

Desember 1972 dibeli salu rumah lagi yang letaknya bersebelahan dengan rumah pertama sehingga dapat dijadikan satu. P'ara Suster yang berkarya sungguh meniberikan waktu dan tenaga sepenuhnya kepada anak-anak sehingga sebagai seorang religius dan komunitas kurang mendap at  perhatian. Melihat keadaan sep.erti itu Pemimpin Kongregasi Suster-suster St Dominikus merasa kurang puas dengan tempat kediaman para Suster maka dibelikan lagi sebuah rumah oleh Kongregasi untuk diperguiiakan sebagai biara sehingga kehidupan para Suster sebagai seorang religius dapat dilaksankan dengan lebih baik.

Maka terciptalah biara St Dominikus di Jl.Raden Saleh I/I 2 dan Panti Asuhan Pondok Si Boncel di Jl.Raden Saleh 1/12 A -I/I 2 C dan pada waktu itu anak yang diasuh mencapai 50 anak,Dengan bertambahnya anak yang diasuh timbullah kesulitan kembali pada masaiah ruangan yaitu wisma untuk para pengasuh. Pada tahun 1978 dibeli satu rumah di Jl. Raden Saleh I/6 yang dipergunakan sebagai wisma para pengasuh dan juga untuk dapur. Segala urusan kehidupan danperkembangan panti asuhan Pondok Si Boncel tergantung pada Br. Winand OFM   dari tahun 1972 - 1978 dan pengelolaan secara penuh diserahkan kepada para Suster  St Dominikus oleh Perhimpunan Vincentius Jakarta dengan mengangkat satu suster sebagai pengelola atau pemimpin panti pada tahun
1978.

Tampuk kepemimpinan dari tahun 1978 - 1981 di percayakan kepada Sr Angelica OP, dan di tahun 1931 anak-anak yang diasuh meningkat menjadi 50 anak. Walaupun panti asuhan sudah memiliki beberapa rumah , namun jelaslah pengelola belum dapat memberikan apayang dibutuhkan oleh anak-anak. Memang pengasuhan, pendidikan, makanan maupun pakaian semuanya berjalan dengan baik tetapi tempat untuk bergerak bagi anak-anak tetap kurang, dikarenakan pekarangannya cukup sempit sedangkan anak-anak membutuhkan ruang gerak yang luas. 01eh karena itu direncanakan untuk membangun suatu bangunan baru dengan alasan kurangnya ruang gerak bagi anak-anak dan keinginan untuk lebih banyak menolong anak-anak yang berkesusahan. Tahun 1581 Bruider-bruder Budi Mulia menawarkan kepada Suster pengelola untuk memindahkan panti asuhan Pondok Si Boncel dari Raden  Saleh ke desa putera yang bersebelahan dengan panti asuhan desa putera. Saat itu yang ada adalah tanah kosong, keberanian, kemauan dan percaya akan roh kudus maka pondok si boncel di bangun.

Pertentangan mulai terjadi dengan alasan terlalu jauh, jalannya jelek dan terlebih takut tidak ada donator yang akan membantu. Dengan bantuan Br Winand dan Br Frans BM pancarian dana dimulai. Ternyata masyarakat dan para penderma dengan antusias membantu. Pembangunan panti dilakukan tahap demi tahap sampai dengan tahun 1985.Tahap l yang dibangun adalah unit I, II, HI, IV, V dan dapur.Tahap kedua adalah pembangunan asrama pengasuh dan terakhir adalah TK Boncel.

1 April 1981 Panti Asuhan Poudok Si Boncel resmi menempati kediaman di Jl.Desa Putra Srengseng Sawah dan Jl.Raden Saleh I / 12 C dan sejak itu dijadikan suatu tradisi setiap tanggal 1 April dirayakan hari ulang tahun Pondok Si Boncel. Untuk maningkatkan kualitas pelayanan para ibu pangasuh diberi kursus-kursus keperawatan dan para susternya diberi kesemap atan untuk studi.