Penyelengara sekolah ini diawali bekerjasama dengan Bruder-bruder FIC pada tahun 1966. Awalnya bernama SMP Katamso Gendeng. Dipilihnya nama itu untuk mengenang Brigjend.Katamso, seorang pahlawan revolusi yang berjasa besar dalam membantu karya para suster dari rintangan kaum komunis menjelang G30 S PKI

Pada tahun pertama sekolah ini merupakan kelas jauh (filial) dari SMP PL jl.P. Senopati NO 16. Namun sejak tahun ajaran 1982 / 1983 SMP Pangudi Luhur di Jl. Senopati No 16 pindah ke jl.Timoho II yang relative berdekatan dengan SMP PL II. Tempat belajar sekolah ini berpindah-pindah dari satu tempat ke tempat lain. Selain pernah menempati rumah tinggal juga pernah menempati gedung Gereja  Paroki Baciro. Baru pada tahun 1987 memiliki gedung sendiri di jl. Melati Wetan No 53. Satu kompleks dengan S Kanisius. Tanggal 3 Maret 1984, SMP ini resmi mandiri menjadi SMP Pangudi Luhur II Yogyakarta yang dikelola oleh para suster Dominikanes. Hingga saat ini jumlah murid terus bertambah karena semakin murni dalam pelayanan dan pengabdian kepada masyarakat untuk berpacu meningkatkan mutu pendidikannya. Selain berkarya di pendidikan para suster komunitas Baciro juga terlibat dalam gerak paroki secara khusus bertanggyng jawab terhadap perkembangan Balai Pengobatan "Panti Usada" Keterlibatan komunitas di Paroki sangat ditentukan oleh jumlah anggota komunitas tersebut.  Ahir ahir ini karya komunitas Baciro diambil alih oleh komunitas Maguwoharjo dan komunitas St.Katarina Pandega.

SMP PANGUDI LUHUR 2 YOGYAKARTA

NAMA SMP PANGUDI LUHUR 2
YOGYAKARTA
NSS 204046002089
NDS 2004050007
STATUS TERAKREDITASI B
TAHUN BERDIRI 1983

JLN. MELATI WETAN 51 YOGYAKARTA